در صورتي که نمي‌توان به آنتي ويروس دسترسي داشت و يا همان ويروس‌هاي قبلي بعد از پاکسازي مشاهده مي‌شوند، لازم است از روش‌هاي پيشرفته تري استفاده کرد.
برخي نرم افزارهاي آنتي ويروس امکان ساختن يک ديسک راه اندازي را فراهم مي‌کنند. بعد از ايجاد يک ديسک راه اندازي لازم است رايانه توسط ديسک مذکور راه اندازي مجدد شود.
سيستم از اين طريق بالا آمده و آنتي ويروس بر روي يک سيستم عامل محدود اجرا مي‌شود. به اين طريق مي‌توان اميدوار بود که آنتي ويروس بتواند از سد ويروس‌هاي سرسخت گذشته و آن‌ها را از سيستم پاک کند.
روش ديگر بالا آوردن رايانه در حالت safe mode است. بسياري از ويروس‌ها فايل‌هايي را در فولدر رجيستري ويندوز ذخيره مي‌سازند. اين فولدر مانند يک بانک اطلاعات دستورات عمل کرده و به سيستم عامل در مورد برنامه‌هاي مهم موجود بر روي رايانه اطلاعات مي‌دهد.
در صورتي که بدافزار فايلي را در فولدر مذکور ذخيره سازد، ويروس مي‌تواند همزمان با بالا آمدن سيستم فعال شود. بالا آوردن رايانه در حالت safe mode به کاربر اجازه مي‌دهد تنها با عناصر هسته‌اي سيستم عامل به کار بپردازد.
بعد از بالا آوردن سيستم در حالت مذکور، لازم است برنامه آنتي ويروس دوباره اجرا شود. در صورتي که با انواع جديدي از بدافزار رو به رو شويد، يعني راه حل مذکور کارا بوده است.
فلسفه‌ي وجودي برخي از بدافزارها تنها دريافت بدافزارهاي ديگر و نصب آن‌ها برروي سيستم قرباني است. در صورتي که بتوان تمام اين بدافزارها را حذف کرد يعني کار با موفقيت به انجام رسيده است. اگر به هر دليلي آنتي ويروس نتواند بدافزارهاي مذکور را حذف کند، لازم است روش‌هاي دستي به کار برده شوند.
بهتر است از همان شرکت توليد کننده‌ي آنتي ويروس مورد استفاده کاربر در اين زمينه استفاده شود، به اين دليل که گاه شرکت‌هاي امنيتي مختلف نام‌هاي متفاوتي را براي يک ويروس انتخاب مي‌کنند. اغلب شرکت‌هاي امنيتي تمام فايل‌هاي مربوط به يک ويروس خاص را ليست کرده و به کاربر مي‌گويند کجا مي‌تواند فايل‌هاي مذکور را پيدا کند.
البته ممکن است براي پيدا کردن هر فايل در رايانه، مجبور به کندوکاو بيش‌تري شويد. دقت کنيد که پيش از پاک کردن هر فايلي، يک نسخه از فولدر رجيستري را ذخيره کنيد. زيرا در صورتي که به اشتباه فايلي را پاک کنيد، آنگاه برگرداندن سيستم به حالت صحيح بسيار سخت يا حتي غير ممکن خواهد بود.
تمام فايل‌هاي مربوط به بدافزار مزاحم را که در ليست آورده شده‌اند، از سيستم پاک کنيد. بعد از انجام کار، لازم است رايانه را راه اندازي مجدد کرده و برنامه آنتي ويروس را دوباره اجرا کنيد. به احتمال زياد بدافزار مذکور را ديگر مشاهده نخواهيد کرد.
در اين مرحله نياز است تمام نام‌هاي کاربري و رمز عبورهاي آنلاين تغيير داده شوند. برخي از بدافزارها داراي برنامه‌هايي براي ثبت ضربات صفحه کليد هستند و رمز عبورها را براي هکر ارسال مي‌کنند، لذا بهتر است جانب احتياط رعايت شود.
در بدترين حالت و در صورتي که استفاده از روش‌هاي فوق جواب نداد و ويروس هم چنان بر روي رايانه باقي مانده بود، زمان آن رسيده است که از آخرين روش استفاده کرده و کل سيستم را پاکسازي کرد.
منظور از پاکسازي کل سيستم فرمت ديسک سخت و نصب دوباره سيستم عامل است. اين کار تمام اطلاعات موجود را از روي رايانه پاک خواهد کرد، لذا لازم است اطلاعات ضروري و مهم که البته ويروسي نيستند از قبل ذخيره سازي شوند.